Obstbäume können von einer Vielzahl von Viren und Phytoplasmen befallen werden, die unterschiedliche Krankheiten auslösen. In manchen Fällen sind diese latent - Symptome können nur auf Indikatorsorten beobachtet werden - andere führen zu Wuchsanomalien oder zum Absterben der Pflanze.

Die Ertragsminderung variiert von Sorte zu Sorte und hängt zudem vom Virusstamm und von Umweltfaktoren ab. Sie kann jedenfalls zu bedeutenden ökonomischen Schäden führen, weswegen Viren weltweit grosse Beachtung durch phytosanitäre Organisationen finden.

Infizierte Bäume können nicht mehr geheilt werden. Daher kommt präventiven Massnahmen, vor allem der Verwendung von virusfreiem Pflanzmaterial, besondere Bedeutung zu. Zumindest bei Kernobst wird der Zustand der Anlagen dadurch für lange Zeit erheblich verbessert.

In diesem Zusammenhang ist es wichtig, die Übertragungswege verschiedener Viren zu berücksichtigen: filamentöse Viren haben keine bekannten Vektoren und werden nur bei der vegetativen Vermehrung bzw. der Veredlung übertragen. Daher bleiben Pflanzen, die frei von filamentösen Viren sind, im allgemeinen dauerhaft gesund.

Pflanzen, die von nematodenübertragbaren (Nepoviren), pollenübertragbaren (Ilarviren) oder blattlausübertragbaren (Potyviren) Viren befallen werden können, bedürfen hingegen einer kontinuierlichen Überwachung auch nach erfolgter Virusfreimachung (epidemiologische Kontrollen, Eradikationsprogramme und/oder Bekämpfung des Vektors). Das Selbe gilt sinngemäss auch für Phytoplasmen.

Wenn von einer Sorte kein virusfreies Pflanzmaterial verfügbar ist, müssen Anstrengungen unternommen werden, eine Viruseliminierung durchzuführen.

Ein pathogenfreies Reiser-Mutterquartier muss unter Bedingungen, die eine Neuinfektion auf dem Luft- oder Bodenweg ausschließen, erhalten werden. Dies wird am Besten durch ein insektensicheres Saranhaus erreicht.